Fungsi utama flagela pada bakteri dan archae adalah terlibat dalam pergerakan sel, memindahkan sel ke lokasi yang berbeda untuk kebutuhan seperti makan, reproduksi, dan sirkulasi. Sperma mamalia terutama menggunakan flagela untuk mendorong melalui organ reproduksi wanita sampai mereka bertemu dengan ovum.

Lengan dalam dan luar dari dynein, menghubungkan sembilan doubl mikrolet, menggunakan energi dari ATP terhidrolisis untuk menghasilkan gerak seperti baling-baling pada flagela. Kehadiran nexin di flagel memberikan gerakan planar, seperti gelombang.