Lisosom sekunder adalah vesikel yang terbentuk dengan fusi lisosom primer ke endosom. Di sini, endosom, termasuk fagosom dan pinosom, mengandung bahan yang akan dicerna. Secara umum, fagosom mengandung partikel makanan atau patogen. Di sisi lain, pinosom mengandung bahan ekstraseluler.

Selain itu, lisosom primer mengandung bentuk enzim pencernaan yang tidak aktif. Namun, dengan penggabungan endosom, enzim-enzim ini menjadi aktif. Selanjutnya, aktivitas enzim tergantung pada pH di dalam lisosom. Umumnya, pH asam mengaktifkan enzim untuk mencerna berbagai jenis makromolekul. Setelah pencernaan, lisosom sekunder menghilangkan bahan yang tidak diinginkan di dalamnya melalui eksositosis.