Kromofor adalah bagian dari molekul yang bertanggung jawab atas warnanya. Di sini, panjang gelombang eksitasi bisa berada di UV hingga kisaran yang terlihat. Tapi, panjang gelombang yang dipancarkan terjadi dalam rentang yang terlihat, memberikan warna tertentu pada molekul, yang terlihat dengan mata telanjang.

Kromofor mengalami perubahan konformasi seperti yang terjadi pada fluorofor dan kembalinya ke keadaan dasar menghasilkan emisi warna. Selanjutnya, dua jenis sistem kromofor adalah sistem ikatan terkonjugasi dan kromofor kompleks logam.

Dalam sistem ikatan terkonjugasi, elektron melompat di antara tingkat energi, yang merupakan orbital yang diperpanjang. Jenis kromofor ini termasuk pewarna makanan, indikator pH, pewarna kain, karotenoid, dll. Di sisi lain, kromofor kompleks logam terdiri dari logam dalam kompleks koordinasi dengan ligan. Beberapa contoh kromofor jenis ini adalah klorofil, hemoglobin, dll.