Perbedaan utama: Archaea adalah organisme bersel tunggal yang tidak memiliki nuklei dan melepaskan metana sebagai produk metabolisme. Bakteri adalah organisme bersel tunggal yang tidak memiliki nukleus, mitokondria, kloroplas, golgibodi, dan ER.
Organisme penting bagi keberadaan kita karena manusia dan semua makhluk hidup lainnya berevolusi darinya. Organisme dapat diklasifikasikan ke dalam dua kategori: eukariota dan prokariota. Mikroorganisme prokariota dapat diklasifikasikan lebih lanjut menjadi tiga domain: eukarya, bakteri dan archaea. Ini bisa menjadi sedikit membingungkan karena keduanya mirip dalam penampilan dan seringkali dapat membingungkan berdasarkan penampilan saja, meskipun ini berbeda satu sama lain dalam banyak hal.
Archaea adalah domain mikroorganisme bersel tunggal. Archaea awalnya diklasifikasikan di bawah prokariota sebagai archaebacteria, namun klasifikasi ini sekarang dianggap ketinggalan jaman. Archaea sekarang menjadi domain yang tepat dalam sistem tiga domain untuk jenis organisme bersel tunggal karena mereka memiliki sejarah independen dan memiliki banyak perbedaan dari mikroorganisme lain. Archaea selanjutnya dibagi menjadi empat filum yang diakui, tetapi lebih banyak filum yang mungkin ada. Kata ‘archaea’ berasal dari bahasa Yunani Kuno ἀρχαῖα, yang berarti “benda kuno”. Mikroorganisme Archaea tidak memiliki inti sel atau organel yang terikat membran lainnya di dalam selnya. Archaea pertama kali dibagi menjadi kelompok terpisah pada tahun 1977 oleh Carl Woese dan George E. Fox berdasarkan urutan gen RNA ribosom (rRNA). Awalnya disebut sebagai Archaebacteria dan Eubacteria, yang kemudian berganti nama menjadi Archaea dan Bacteria. Merriam Webster mendefinisikan ‘archaea’ sebagai, “mikroorganisme dari suatu domain (Archaea) termasuk bentuk-bentuk penghasil metana, beberapa bentuk halofilik merah, dan yang lainnya dari lingkungan asam panas yang keras (seperti mata air panas).”
Archaea mirip dengan bakteri dalam bentuk dan ukuran; di sinilah asal mula kebingungan, namun beberapa archaea memiliki bentuk yang sangat tidak biasa, seperti organisme Haloquadratum walsbyi yang memiliki sel-sel datar dan berbentuk persegi. Archaea juga merupakan organisme tertua yang telah ditemukan. Mereka berkisar dari 0,1 mikrometer (μm) hingga lebih dari 15 μm dengan diameter dan terjadi dalam berbagai bentuk termasuk bola, batang, spiral, piring, sel lobed, filamen seperti jarum dan batang persegi panjang. Meskipun archaea terlihat mirip dengan bakteri, ia memiliki gen dan jalur metabolisme yang mirip dengan eukariota, termasuk memiliki tiga RNA polimerase. Archaea mengandalkan lipid eter dalam membran sel mereka untuk bertahan hidup. Ciri khas lain dari archaea adalah mereka dapat bertahan hidup dalam kondisi ekstrem, seperti air yang sangat panas, sangat dingin atau sangat asin. Juga, dinding sel archaea kekurangan peptidoglikan, yang terdapat pada bakteri. Pada sebagian besar archaea, dinding dirakit dari protein lapisan permukaan, yang membentuk susunan molekul protein yang kaku untuk menutupi bagian luar sel, mirip dengan chainmail. Archaea memperoleh energi dari berbagai sumber seperti gula, amonia, ion logam, gas hidrogen, sinar matahari dan karbon, sambil memproduksi nitrogen, metana, asam sulfat, dll. Sebagai produk sampingan. Archaea mereproduksi melalui langkah-langkah seperti pembelahan biner, fragmentasi atau pertunasan. Archaea bermain dan terus memainkan peran besar dalam siklus karbon dan siklus nitrogen di Bumi.
Bakteri adalah domain terbesar dari mikroorganisme prokariotik. Mereka diyakini sebagai salah satu bentuk kehidupan pertama yang muncul di Bumi dan hadir di sebagian besar habitat, termasuk yang berada di dalam tubuh manusia, hewan dan tumbuhan. Diperkirakan ada sekitar lima bakteri non-miliar (5 × 10 ^ 30) di Bumi. Meskipun awalnya bakteri dianggap sebagai tanaman yang merupakan kelas Schizomycetes, sekarang bakteri tersebut diklasifikasikan dalam prokariota. Tidak seperti sel-sel eukariota, sel-sel bakteri tidak mengandung nukleus dan jarang memiliki organel yang terikat membran. Istilah ‘bakteri’ adalah jamak dari ‘bakteri’ Latin Baru dan berasal dari bahasa Yunani βακτήριον (baktērion) dan βακτηρία (baktēria), yang berarti “staf, tongkat” yang merujuk pada bentuk organisme yang ditemukan di waktu. Istilah ‘bakteri’ digunakan untuk merujuk pada semua prokariota, meskipun kemudian diubah ketika penemuan tambahan menemukan perbedaan di antara organisme.
Bakteri biasanya beberapa mikrometer panjangnya ditemukan dalam berbagai bentuk termasuk cocci, basil, vibrio, spirilla, spirochaetes dan berbentuk kubus. Sel-sel bakteri kira-kira sepersepuluh ukuran sel eukariotik dan panjangnya biasanya 0,5-5,0 mikrometer. Bentuk bakteri ditentukan oleh dinding sel dan sitoskeleton, yang mengubah dan beradaptasi untuk menerima nutrisi yang tepat, menempel pada permukaan, berenang melalui cairan dan melarikan diri dari predator. Dinding bakteri dikelilingi oleh membran lipid yang membungkus dan menampung nutrisi, protein dan komponen penting lainnya dari sitoplasma di dalam sel. Sebagai prokariota, bakteri tidak memiliki organel yang terikat membran dan karenanya mengandung beberapa struktur intraseluler yang besar. Mereka tidak memiliki nukleus sejati, mitokondria, kloroplas dan organel lainnya. Mereka juga hanya memiliki satu RNA polimerase. Membran sel mengandung ikatan ester, sedangkan dinding sel terbuat dari peptidoglikan. Bakteri tumbuh dan bereproduksi secara aseksual melalui pembelahan biner.
Bakteri adalah bagian penting dari planet ini dan memainkan peran besar dalam mendaur ulang nutrisi, seperti fiksasi nitrogen dari atmosfer dan pembusukan. Bahkan dalam kondisi ekstrem, bakteri menyediakan nutrisi yang diperlukan untuk mempertahankan kehidupan dengan mengubah senyawa terlarut seperti hidrogen sulfida dan metana. Bakteri juga dapat membahayakan tubuh dengan memproduksi berbagai penyakit pada manusia, seperti penyakit pernapasan, HIV, dll. Bagi banyak penyakit, antibiotik digunakan untuk membersihkan tubuh dari bakteri yang merusak. Bakteri juga memiliki kegunaan lain seperti pengolahan limbah, memecah tumpahan minyak, memproduksi keju dan yogurt, memulihkan emas, paladium, tembaga dan logam lainnya.