Lisosom primer adalah vesikel kecil yang dilepaskan dari peralatan Golgi. Umumnya, mereka mengandung asam hidrolase atau enzim hidrolitik dalam bentuk tidak aktif. Selain itu, isi lisosom primer dikelilingi oleh lapisan fosfolipid tunggal.

Selain itu, fungsi utama lisosom primer adalah untuk berfusi dengan endosom seperti fagosit dan pinosom ke dari lisosom sekunder.